Sekretariat mempunyai tugas melakukan koordinasi penyusunan program, pelayanan administrasi, surat menyurat dan rumah tangga, keuangan dan kepegawaian. Sekretariat dalam melaksanakan tugas menyelenggarakan fungsi sebagai berikut:

1. Pengkoordinasian penyusunan program;
2. Pengkoordinasian penyusunan rencana, program, anggaran di bidang perencanaan, penelitian dan pengembangan;
3. Pengkoordinasian penyusunan rencana, program, anggaran di bidang perencanaan, penelitian dan pengembangan;
4. Pemberian dukungan administrasi yang meliputi ketatausahaan, kepegawaian, keuangan, kerumah tanggaan, kerja sama, hubungan masyarakat, arsip, dan dokumentasi;
5. Pembinaan dan penataan organisasi dan tata laksana;
6. Pengkoordinasian dan penyusunan peraturan perundang-undangan;
7. Pengelolaan barang milik/kekayaan negara; dan
8. Pelaksanaan tugas lain yang diberikan oleh Kepala Badan Perencanaan Pembangunan, Penelitian dan Pengembangan Daerah sesuai dengan tugas dan fungsi Sekretariat.

Susunan organisasi Sekretariat; a). Sub Bagian Umum, b). Sub Bagian Keuangan dan Perlengkapan dan c). Sub Bagian Perencanaan dan Pelaporan.

a). Sub Bagian Umum

• Melakukan penyusunan rencana dan anggaran Subbagian Umum;
• Melakukan urusan rencana kebutuhan, pengembangan pegawai;
• Melakukan urusan mutasi, tanda jasa, kenaikan pangkat, pemberhentian dan pensiun pegawai;
• Melakukan urusan tata usaha kepegawaian, disiplin pegawai dan evaluasi kinerja pegawai;
• Melakukan urusan tata usaha dan kearsipan;
• Melakukan urusan rumah tangga, keamanan dan kebersihan;
• Melakukan urusan kerja sama, hubungan masyarakat dan protokol;
• Melakukan evaluasi kelembagaan dan
• Melakukan telaahan dan penyiapan penyusunan peraturan perundang-Undangan;
• Melakukan penyusunan pelaporan dan pendokumentasian kegiatan Subbagian Umum; dan
• Melakukan tugas lain yang diberikan oleh Kepala Badan sesuai dengan tugasnya.

b). Sub Bagian Keuangan

• Melakukan penyusunan kegiatan rutin;
• Melakukan urusan akutansi, verifikasi keuangan;
• Melakukan urusan perbendaharaan, pengelolaan penerimaan negara bukan pajak, pengujian dan penerbitan surat perintah membayar;
• Melakukan urusan gaji pegawai;
• Melakukan administrasi keuangan;
• Melakukan penyiapan pertanggungjawaban dan pengelolaan dokumen keuangan;
• Melakukan penyusunan laporan keuangan;
• Melakukan penyiapan bahan pemantauan tidak lanjut laporan hasil pengawasan dan penyelesaian tuntutan perbendaharaan dan ganti rugi;
• Melakukan penyusunan Rencana Kebutuhan BarangUnit (RKBU) dan Rencana Pemeliharaan Barang Unit(RPBU);
• Melakukan penyiapan bahan penatausahaan dan inventarisasi barang;
• Melakukan penyiapan bahan administrasi pengadaan, penyaluran, penghapusan dan pemindah tanganan barang milik Negara;
• Melakukan  penyiapan penyusunan laporan dan administrasi
• penggunaan peralatan dan perlengkapan kantor.

c). Sub Bagian Perencanaan dan Pelaporan

• Melakukan penyusunan rencana dan anggaran Subbagian Perencanaan dan Pelaporan;
• Melakukan penyiapan bahan koordinasi dan penyusunan rencana, program di bidang Perencanaan, Penelitian dan Pengembangan;
• Penyiapan bahan koordinasi dan penyusunan anggaran di bidang Perencanaan, Penelitian dan Pengembangan;
• Penyiapan bahan penyusunan pedoman teknis pelaksanaan kegiatan tahunan di bidang Perencanaan, Penelitian dan Pengembangan;
• Penyiapan bahan penyusunan satuan biaya, daftarisian pelaksanaan anggaran, petunjuk operasional kegiatan, dan revisi anggaran;
• Melakukan pengumpulan, pengolahan dan penyajiandata dan statistik di bidang Perencanaan, Penelitian dan Pengembangan;
• Melakukan pemantauan dan evaluasi pelaksanaan program dan kegiatan di bidang Perencanaan, Penelitian dan Pengembangan;
• Melakukan penyusunan pelaporan kinerja pada Seksi Perencanaan dan Pelaporan;
• Melakukan penyusunan pelaporan dan pendokumentasian kegiatan Sub Bagian Perencanaan dan Pelaporan; dan
• Pelaksanaan tugas lain yang diberikan oleh Kepala Badan sesuai dengan tugasnya.